شرکت فرودگاههای کشور به موجب مصوبه شورایعالی اداری در تاریخ ۲۵/۱۲/۱۳۷۰ و به منظور نیل به اهداف و تکالیف مندرج در قانون توسعه کشور و در راستای رونق بخش حمل و نقل هوایی و تحول ساختاری در زمینه تفکیک تصدی از حاکمیت رسما‌ آغاز به کار نمود . این شرکت همانگونه که از ماده ۱ اساسنامه و اصلاحیه آن مستفاد می گردد با هدف بازرگانی نمودن سیستم عملیات اجرایی و بخش تصدی فعالیتها و وظایف سازمان هواپیمایی کشوری شکل گرفت . دستیابی به این اهداف و اخذ مجوزهای لازم از دستگاههای ذیربط دولتی ومجلس شورای اسلامی در سالهای گذشته همواره اهداف استراتژیک این شرکت را تحت تاثیر قرار داده و برنامه ریزی برای دستیابی به فرایندهای لازم جهت برطرف نمودن این چالشها، روند فعالیتهای شرکت را همواره تحت تاثیر قرار داده است .

سازمان هواپیمایی کشوری ابزار حاکمیت دولت در بخش مهم و حساس صنعت حمل و نقل هوایی است که بر مجموعه فعالیتهای هوانوردی و فرودگاهی و حمل و نقل نظرات عالیه اعمال مینماید. هدف اساسی این سازمان تامین ایمنی و سلامتی پروازها در فضای هوائی کشور می باشد. در سطح بین المللی کشور به عضویت سازمان بین المللی هواپیمائی کشور (ایکائو) در آمده و سازمان هواپیمائی کشوری به عنوان نماینده رسمی جمهوری اسلامی ایران در سازمان ایکائو می باشد.
سازمان هواپیمائی کشوری به منظور تقویت حوزه مرکزی در جهت اعمال حاکمیت دولت در صنعت حمل و نقل هوائی و انتزاع وظایف تصدی از سازمان با ایجاد شرکت فرودگاههای کشور کلیه وظایف مربوط به اداره، نگهداری، توسعه، تجهیز و بهره برداری از فرودگاههای کشور را به آن شرکت انتقال داد. اکنون عمده وظایف آن در زمینه سیاست گذاری، برنامه ریزی و تعیین خط مشی ها میباشد.